A Coordenação de Ensino e Pesquisa é encarregada de regulamentar as atividades ligadas ao ensino e pesquisa realizadas no âmbito do ICOM. Tem como principais finalidades o planejamento, acompanhamento, avaliação e apoio das atividades de ensino, pesquisa e extensão no ICOM, de forma integrada com a assistência à saúde.

Está sempre buscando estimular e favorecer a geração de conhecimento e promover uma interação expressiva entre pesquisadores e a instituição.

O ICOM possui programa de Residência Médica em Infectologia e é campo de prática em diversas áreas da saúde para nível técnico e superior:

• Desenvolve atividades de pesquisa em doenças infecciosas e parasitárias em parceria com a FIOCRUZ e o Instituto de Saúde Coletiva da Universidade Federal da Bahia.
• Dispõe de um Comitê de Ética em Pesquisa.
• Desempenha relevante papel como sentinela no processo de Vigilância Epidemiológica do Estado da Bahia por meio do Núcleo de Epidemiologia Hospitalar nível III.
• Sedia um dos dois CRIES (Centros de Referência de Imunobiológicos Especiais) no Estado da Bahia.